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你真的认识KEGG吗?什么是KO?

作者:365bet体育备用 来源:英国365bet 更新日期:2019-06-01 浏览次数:
我的名字是Bones,这是一个Master House NPC。好吧,我最近学会了如何使用KEGG来分析信号路径。真的很漂亮莫震:你真的认识KEGG吗?
骨头:一般来说,我基本上都是用它。
莫震:是吗?
所以你知道KO是什么吗?
骨头:嗯,我知道这一点,最近非常流行:然后是KO。
莫震:嘿......不是太极拳吗?可以吗?首先,我们来看看KEGG。KEGG拥有大量数据库,包括分层分类数据库,基因数据库和信号通路数据库。例如,查找TP53。结果如下。红色方块中有一个分层的KEGG数据库。这包括所有基因的功能注释和信号路径注释。该分析有点类似于根据不同功能和信号转导途径标记的GO分析,然后标记为KO.Label(KEGGOntology)。
蓝盒子是KEGG蛋白质或酶的分类系统。它们在序列上非常相似,并且在相同途径中具有相似功能的蛋白质被分组并用KO标记(KEGGOrtholog)。
因此,KEGG的两个KO标记实际上是不同的,并且分层本体分类(KEGGOntology)用小写“ko”标记。
KEGG Orthologs缩写为K.
例如,如果打开P53 KEGGgene数据库,其分层分类号将显示在信号路径中。
那么使用KEGG的同行有什么问题呢?
例如,如果您在此处打开KEGG信号路径图,则可以看到存在同源按钮。当点击时,该信号路径的所有基因由以下数字表示。KEGG同源物:它包含不同物种中的同源基因,或相同物种的基因,它们在序列上相似并参与该信号转导途径。
可以通过比对蛋白质序列来分析所有物种的信号转导途径。
换句话说,只要你有蛋白质序列,无论它比较什么物种,你都可以猜出这个特殊的特征是什么。
当然,这也是一种工具。例如,使用此KAAS,您可以对特定蛋白质序列进行KO分析。当然,您必须完成蛋白质阵列和您的邮箱号码:您将收到一封输出电子邮件。这个序列:......华丽的分离线......李默珍博士:你觉得那是KEGG吗?这有点不同吗?
好吧,我们今天会到这里,回答“KAAS”并提供两个类似的KEGG注释网站。
好吧,我们今天就去吧。